接种了疫苗而没有起到保护作用而得了已经预防的传染病，就叫免疫失败。这其中有很多原因，大多数情况下这不是疫苗的问题，而是发生了不适当的免疫反应，比如营养不良如维生素A或E缺乏也会抑制机体的正常蛋白合成，从而降低免疫反应。
另外，注射间隔太短，疫苗间会发生干扰现象，如果间隔太长，效果会降低。下面列举了几种常见的免疫失败的原因。
1、母源抗体问题
新生的幼犬或者幼猫通过胎盘或者初乳从母体获得抗体而得到保护。何时开始接种疫苗呢？这与母源抗体的水准有关。
母源抗体在体内停留的时间在不同个体内、不同的抗体是不同的。
每个个体都有一个易感期，时间长短不一，从几天到几周，这期间母源抗体的水准高到不能使疫苗发挥作用，却又低到不足与抵抗传染病。
这期间即使接种了疫苗，仍然会得传染病。不同窝甚至同窝不同个体之间的易感期也都不一样。
研究表明，对细小病毒而言，幼犬在6周龄时只有25%的免疫有效，9周龄时40%有效，16周龄时60%有效，18周龄时95%的有效。
2、接种疫苗与接触传染病间隔太短
疫苗并不是一接种就会立即刺激机体产生抗体，这需要几天到几周的时间才能产生有效的抗体，例如冠状病毒在第二次疫苗注射后2-3星期才能产生有效的保护。
当宠物接种疫苗时，已经处于疾病的潜伏期，或存在严重的寄生虫感染时，接种疫苗后必然导致宠物发病，从而导致免疫的失败。
3、病毒或细菌株不同
如果病毒或者细菌株发生了变异，那么疫苗接种也会失败。例如，近来临床上发现细小病毒的变异株，结果常规的细小病毒接种失败。
4、疫苗损坏
由于不适当的保存或运输，弱毒疫苗可能会失活从而发生免疫失败；在疫苗的存放和运输过程中温度高于4℃，疫苗也会失效。
5、疫苗使用不当
接种途径没有按疫苗的要求进行，比如皮下注射、肌肉注射或滴鼻等。还有一定要按剂量注射。犬用疫苗都是按头份，不是按体重、年龄等。
6、免疫程式不当
注射间隔太短，疫苗间会发生干扰现象，如果间隔太长，效果会降低，通常间隔2-3周（狂犬病除外）。
7、品种不同
不同的品种对传染病的敏感程度与反应也不一样，对比较敏感的品种可能需要调整免疫程式。
8、免疫缺陷
如果机体的免疫系统有缺陷，不能对疫苗产生正常的免疫反应，也会失败。
9、患病期间
发热可以抑制机体对犬瘟热病毒的免疫反应，某些病毒的感染也会降低机体对疫苗的免疫反应。
10、营养不良
营养不良如维生素A或E缺乏也会抑制机体的正常蛋白合成，从而降低免疫反应。
11、疫苗本身原因造成的免疫失败
（1）疫苗有一定的有效期，过期的疫苗不能使用
（2）疫苗品质不佳或疫苗稀释液（蒸馏水和生理盐水）品质不佳，也会影响免疫效果。
（3）疫苗自身抗原含量不足。
（4）疫苗中污染了其它病原微生物（尤其是活苗），会干扰或抑制抗体产生。
（5）用强毒株生产的灭活疫苗灭活不彻底。
（6）免疫配剂配置（选用）不当。
12、免疫实用的器具
未消毒的注射器、针头和滴管会使疫苗性能下降；未消毒或受污染的稀释液会造成疫苗不纯；使用含氯自来水稀释疫苗会使疫苗免疫活性下降，出现免疫失败。
13、疫苗稀释后使用的时间过长
从零下几十度的冰箱中取出的冻干苗应放置一段时间，尽可能缩小与稀释剂的温差，以免由于温度骤升使疫苗中孱弱的微生物死亡。
综上所述，这就是为什么有如此多的疫苗接种程式，为什么这么多的免疫接种失败，一句话，没有一种疫苗可以对接种的动物达到100%的保护。